700년대 일본의 나라 시대 때 생선을 장기간 보존할 목적으로 생선과 밥을 같이 넣고 발효시킨 것에서 유래되었다. 내장을 제거한 붕어의 뱃속에 밥을 채워서 1~2년 동안 발효시킨 것으로 우리나라 가자미 식혜같이 발효가 끝난 다음에는 밥을 빼고 생선만 먹는다. 지금 형태의 초밥을 먹기 시작한 건 상당한 시간이 걸린다. 700년 대에는 밥은 제거하고 발효된 생선만 섭취하다가 1100년대 생선과 밥을 함꼐 먹기 시작 , 1500년대 밥과 생선에 직접 식초를 넣어 발효 기간을 줄여 단촛물을 섞은 밥과 생선을 함께 먹으면서 지금의 초밥 형태가 되었다고 추정한다.
초밥은 관서 지역 오사카식 초밥과 관동 지역 도쿄식 초밥에 차이가 있는데 오사카식은 하코즈시라고 해서 초밥 틀에 숙성시킨 생선이나 어패류를 깔고 그 위에 초밥을 얹어 찍어 눌러 만드는 형태이다.
도쿄식 초밥은 오늘날 우리가 흔히 먹는 초밥의 형태와 가장 가깝다. 1800년대 일본의 요리사 하나야 요헤이가 좌판을 매고 돌아다니며 팔았던 초밥으로 이후 도쿄 지역 시장에서 대히트를 치면서 포장마차에서 초밥을 팔기 시작했다. 당시 초밥은 패스트푸드처럼 빠르고 간단하게 끼니를 때우는 음식이었다.
현재 형태의 초밥이 발전하기 시작한 것은 메이지 유신 1800년 이후고 대중적으로 많이 먹기 시작한 것은 1900년대 초부터이다. 초밥의 가치가 대중적으로 높아지기 시작한 것은 1970년 ~1980년대 일본의 고도 성장시대에 초밥이 현재와 같은 고급음식이 된 것이다. 불과 약 반세기 전부터이다.